Жидкостной биотуалет конструктивно состоит из двух баков, объемы которых зависят от конкретной модели, что позволяет подобрать наиболее оптимальный вариант биотуалета в зависимости от потребностей и предполагаемых условий использования. Верхний бак, выполненный как имитация стандартной унитазной чащи с сидением и крышкой, одновременно является резервуаром для чистой воды с насосом для смыва. Нижний бак выполняет функцию накопительного резервуара для отходов.
Принцип работы биотуалета очень прост: органические отходы попадают в нижний накопительный бак, где разлагаются под воздействием заранее добавленных санитарных средств без проявления процессов газообразования и неприятного запаха.